Alla base del pensiero di Comte c'è la convinzione di dover passare da un modello di società organica - quella medievale basata sull'alleanza tra potere teologico e potere militare - a un altro modello organico, la società industriale, in cui, pur ripetendo lo schema dei due poteri, questi saranno sostituiti dalla "capacità industriale" (produttiva), mentre la "capacità scientifica positiva" ossia il "potere della dimostrazione" prenderà il posto della "rivelazione" o teologia.
Al contrario di Saint-Simon, sostiene che tale società non si può costruire partendo dal piano politico ,ma dal piano culturale e scientifico, cioè da un sistema filosofico cui la società dovrà corrispondere: "La sola rivoluzione che ci compete è una rivoluzione filosofica, un mutamento di sistema nelle idee: la rivoluzione politica, ossa il mutamento delle istituzioni , può avvenire solamente dopo."

Nell'Avvertenza al primo volume del Corso Comte fa comprendere come l'accezione di "FILOSOFIA POSITIVA" sia più ampio e comprensivo di quelli analoghi di "filosofia naturale" e "filosofia delle scienze"; esso abbraccia "lo studio dei fenomeni sociali e dei fenomeni di ogni altro tipo, indica una maniera uniforme di ragionare"", studia "le generalità (generalités) delle diverse scienze, concepite come soggette a un unico metodo e come FORMANTI LE PARTI DI UN PIANO GENERALE DI RICERCHE".

Da quest'ultima affermazione , soprattutto, È POSSIBILE CAPIRE IN CHE SENSO IIL CORSO INTENDA PRESENTARSI COME ENCICLOPEDIA: non in senso illuminista, come raccolta e strumento di diffusione del sapere, ma COME QUADRO UNTARIO DEL SAPERE IN CUI OGNI SCIENZA FONDAMENTALE VIENE CONSIDERATA "NELLE SUE RELAZIONI CON L'INTERO SISTEMA POSITIVO ......SOTTO IL DUPLICE RAPPORTO DEI SUOI METODI ESSENZIALI E EI SUOI RISULTATI PRINCPALI".
Tale atteggiamento si fonda SULLA COSTATAZIONE dell'accelerato processo di specializzazione prodotto dalla rivoluzione scientifica nei decenni a cavallo fra Settecento e Ottocento e SUL PERICOLO di impoverimento intellettuale e morale legato alla pur necessaria frammentazione e divisione del sapere e delle attività.
Considerazione che riguarda TANTO IL LAVORO DEI DOTTI QUANTO QUELLO DEGLI OPERAI .
Occorre cioè che l'esprit détail distrugga l'esprit d'ensemble, che l'attenzione per la specializzazione metta in ombra la necessità di una visione generale e sistematica (ossia "enciclopedica" del sapere).
I criteri di costruzione del sistema sono: LA LEGGE DE TRE STADI e la CLASSIFICAZIONE DELLE SCIENZE.

La legge viene enunciata da Comte n apertura della sua prima lezione:
Essa sostiene che OGNI SCIENZA, NEL SUO CAMMNO EVOLUTIVO, DEVE PERCORRERE TRE DIFFERENTI STADI: TEOLOGICO, METAFISICO, POSITIVO.

a) NELLO STADIO TEOLOGICO i fenomeni naturali vengono spiegati facendo appello a entità e potenze sovrannaturali;

b) NELLO STADIO METAFSICO tali potenze sono sostituite da entità concettuali , essenze e principi astratti (la "forza vitale" e la "forza motrice") : dalla fantasia e dall'immaginazione si passa alla riflessione e alla ragione, ma sempre con l'obiettivo di individuare le cause prime dei fenomeni;

c) solo nello STADIO POSITIVO tale pretesa viene abbandonata: non si ricercano più le cause ma le leggi, ovvero le relazioni tra i fenomeni, e ci si avvale del metodo scientifico basato sull'esperienza e sul ragionamento.

La legge dei tre stadi (oltre a individuare un modello di lettura della storia delle scienze e della storia dell'uomo nel suo complesso) fornisce UN CRITERIO STORICO DI ORDINAMENTO DEL SAPERE: le scienze hanno tempi di evoluzione differenti e l'ordine in cui vengono disposte e trattate nel Corso segue le successioni del loro sviluppo. Mentre MATEMATICA, ASTRONOMIA, FISICA. CHIMICA e FSIOLOGIA hanno già raggiunto, anche se in misura diversa, lo stadio positivo, la FISICA SOCIALE o SOCIOLOGIA si trova ancora alla soglia del traguardo; Comte ritiene che tale passo sia il compito che spetta al sapere contemporaneo.

Rifiutando l'ordine enciclopedico (di d'Alembert e Diderot) derivato da Bacone e basato sulla tripartizione fantasia, memoria e intelletto, - in quanto rileva che ogni scienza fa uso contemporaneamente delle tre facoltà, Comte classifica le scienze a partire dallo studio e dall'osservazione degli oggetti da classificare, ovvero dalle scienze stesse. Quindi una classificazione delle scienze che riflette la diversità dei fenomeni esistenti in natura.
Abbiamo quindi:

1-una prima classificazione DICOTOMICA : TEORICA -PRATICA, cioè fra conoscenze teoriche e le loro applicazioni (cioè fra scienze e arti)

2- le scienze, a loro volta, sono divise in ASTRATTE (ricerca di leggi generali) -CONCRETE (indagine sui fenomeni particolari)

3-Comte limita le sue indagini alle leggi fondamentali astratte, che SONO TUTTE FISICHE, distinte in base all'oggetto, cioè: FISICA INORGANICA =corpi inanimati (fisica celeste (astronomia)-fisica terrestre (fisica-chimica)) - FISICA ORGANICA = corpi organizzati (fisiologia-fisica sociale (sociologia)

La "scala enciclopedica" che ne risulta è crescente per complessità, va cioè dalle scienze più generale e astratte - e perciò più semplici - a quelle più specializzate - e quindi più complesse. Da quelle più lontane dall'uomo a quelle più vicine ad esso, cioè caratterizzate da maggiore "personalità".
L'ordine LOGICO rispecchia l'ordine STORICO, poiché le scienze più semplici sono le più antiche e le più sviluppate, nonché le più "precise". OGN SCIENZA IMPLICA QUELLE SEGUENTI NELLA SCALA. il che vuol dire che, traducendo il piano enciclopedico in un piano di formazione e di educazione - cosa che Comte ritiene necessaria - lo studio di ogni scienza presuppone la conoscenza almeno dei principi fondamentali delle precedenti.